1、對MRPII/ERP的要求不同
MES系統處于企業的計劃執行層，從MRPII/ERP層接受計劃指令，并向MRPII/ERP反饋信息。因此，無論流程生產行業還是離散制造行業，MES都要與MRPII/ERP建立緊密的信息集成。
目前，市場上的大多數MRPII/ERP系統是在離散制造業發展過來的，對離散制造業比較適合。適用于流程生產行業的ERP產品，目前還很少。MRPII/ERP系統所用的一些術語、提供的管理概念與流程企業的概念習慣不一致。因此，流程企業與離散制造業是有區別的，流程企業的ERP需要專門對待。
流程生產行業和離散行業的MRPII/ERP的不同要求，主要表現在：
兩者對于生產模型的要求不同——流程生產行業中體現了以配方為核心的生產模型，而離散行業中體現了以產品BOM為核心的生產模型。
生產計劃方式方面，流程企業根據市場的需求進行生產的觀念已經逐步加深。但一般情況下，特別是對市場需求量大的產品，是“以產促銷”——通過大批量生產，降低成本，提高競爭力。因此，作為流程企業生產計劃的依據，主要是市場預測。離散企業一方面可以根據定單進行生產，另一方面也可以根據市場預測作為生產計劃制訂的依據。離散企業的MRPII/ERP系統向MES下達作業計劃指令主要以“工作令”(Job Order或Work Order)的方式，而流程企業的作業計劃下達主要以指令計劃形式方式。
成本核算方式方面，離散企業的計算產品成本是按照產品BOM所描述的加工裝配過程，從低層向高層逐層累積得出的。這種按照成本發生的實際過程計算成本的方法稱為逐層累積法，或稱成本滾加計算法(cost roll-up)，它反映了產品增值的實際過程。流程企業的成本核算方式一般采用平行結轉法，在其成本組成中，生產成本中占比例最大的是原材料。通常，原材料占產品成本的70%～80%，人工成本所占比例較小，約占2%～5%，其他為分攤成本。
2、作業計劃調度
離散企業的生產作業計劃調度，需要根據優先級、工作中心能力、設備能力、均衡生產等方面對工序級、設備級的作業計劃進行調度。這種調度，是基于有限能力的調度并通過考慮生產中的交錯、重疊和并行操作來準確地計算工序的開工時間、完工時間、準備時間、排隊時間以及移動時間。通過良好的作業順序，可以明顯地提高生產效率。
流程企業的產品，是以流水生產線方式組織、連續的生產方式，只存在連續的工藝流程，不存在與離散企業對應的嚴格的工藝路線。因此，在作業計劃調度方面，不需要也無法精確到工序級別，而是以整個流水生產線為單元進行調度。從作業計劃的作用和實現上，比離散企業相對簡單。
3、數據采集
MES的數據采集功能，可以實現對生產現場各種數據的收集、整理工作，是進行物料跟蹤、生產計劃、產品歷史記錄維護以及其它生產管理的基礎。
離散企業的數據采集，以手工上報為主，并可以結合條形碼采集等半自動信息采集技術進行工時、設備、物料、質量等信息的采集。這種數據采集方式，時間間隔較大，容易受到人為因素的影響，要特別注意保障數據的準確性。
流程生產行業的自動化程度較高，設備控制級大量采用DCS、PLC。在檢測驅動方面，各種智能儀表、數字傳感器已普遍應用;過程控制則廣泛采用以小型機為主的自動控制系統。傳統的“計、電、儀”分工界限已不再明顯，計算機技術的應用已深入各個領域。這些自動化設備，能自動準確記錄各種生產現場信息。對于MES而言，重點在于系統構建的時候與這些自動化設備做好數據接口。
4、作業指令的下達
在離散行業的MES 中，將作業計劃調度結果下達給操作人員的方式一般采用派工單、施工單等書面方式進行通知，或采用電子看板方式讓操作人員及時掌握相關工序的生產任務。作業計劃的內容，包括該工序的開工、完工時間、生產數據等方面。
流程生產行業的MES中，不僅要下達作業指令以及PDI(Panel Data Interface，面板數據接口)數據，而且要將作業指令轉化為各個機組及設備的操作指令和各種基礎自動化設備的控制參數(例如PID控制參數——Proportional Integral Derivative，比例積分微分控制)，并下達給相應的PCS系統(Production Control System，生產控制系統)。
5、反沖處理
流程生產行業的生產完工上報，廣泛采用反沖處理。一般在工藝流程的最后設置完工上報點，而對前面工序流程實行反沖處理，如人工工時反沖、設備工時反沖、物料反沖，從而對在制品和成本進行跟蹤。
離散制造中的完工上報，一般對每道工序都要進行上報，或在關鍵工序設置反沖點，對前面工序進行反沖處理。
6、設備管理
離散行業的生產設備的布置，不是按產品而是按照工藝進行布置的。可以進行同一種加工工藝的機床一般有多臺。單臺設備的故障不會對整個產品的工藝過程產生嚴重的影響，一般需要重點管理關鍵、瓶頸設備。
在流程生產行業的流水線生產中，生產線上的設備維護特別重要，每臺設備都是關鍵設備，不能發生故障，一臺設備的故障會導致整個工藝流程的終止。
7、庫房物料管理
離散行業中，一般對半成品庫也設有相應的庫房，各工序根據生產作業計劃以及配套清單分別進行領料。
流程生產行業中，對連續生產方式，一般不設中間半成品庫房，配方原料的庫位一般設置在工序旁邊。配方領料不是根據工序分別領料，而是根據生產計劃一次領料放在工序庫位中。
8、質量管理
無論離散行業還是流程生產行業的質量檢驗和管理都相當重要，但在MES中對質量檢驗和管理的方式有所區別。離散行業中，對單件小批生產，一般需要檢驗每個零件、每道工序的加工質量;對批量生產，一般采用首檢、抽檢、SPC分析相結合。
流程生產行業中，一般采用對生產批號產品進行各工序上的抽樣檢驗。
