主要針對部隊平、戰時各種環境和勞動因素對指戰員健康和作戰能力的影響，開展以提高部隊平戰時衛生水平和作戰能力為中心的衛生保障措施的研究。該所設有勞動衛生、環境衛生、營養衛生、高原醫學、寒區衛生、衛生檢驗、病理等研究室。完成國家和軍隊下達的500多項研究任務，在軍事勞動衛生、飲水衛生、營養學、高原和寒區衛生等研究方面做出了突出成績。獲得國家和軍隊科技成果獎80多項。主辦了《中國應用生理學雜志》、《營養學報》和《解放軍預防醫學雜志》等全國性刊物。